Svarbiausi skyriaus uždaviniai yra:
• ruošti ir teikti Finansų ministerijai Tarnybos programų išlaidų sąmatų projektus, strateginių planų projektus;
• ruošti ir teikti Finansų ministerijai išlaidų sąmatas pagal programas, paskirstytas ketvirčiais;
• organizuoti buhalterinę apskaitą bei išankstinę finansų kontrolę Tarnyboje , kontroliuoti, kad racionaliai ir taupiai būtų naudojami materialiniai ir finansiniai ištekliai, atsižvelgiant į veiklos ypatumus, atliekamų funkcijų apimtis, įgyvendinamų programų sudėtingumą ir įvairovę, kad ataskaitiniai duomenys būtų teisingi ir atskaitomybė būtų savalaikiai pateikiama Finansų ministerijai jos nustatyta tvarka ir terminais.

Skyrius, įgyvendindamas jam pavestus uždavinius, vykdo šias funkcijas:
• Lietuvos Respublikos Vyriausybės nustatytais terminais bei Finansų ministerijos nustatyta tvarka ruošia biudžeto išlaidų sąmatų, strateginių planų projektus, Lietuvos Respublikos Seimui priėmus valstybės biudžeto ir savivaldybių biudžetų finansinių rodiklių patvirtinimo įstatymą ruošia ir teikia Finansų ministerijai Tarnybos išlaidų sąmatas pagal programas, paskirstytas ketvirčiais;
• tvarko buhalterinę apskaitą pagal Lietuvos Respublikos buhalterinės apskaitos įstatymą ir kitus teisės aktus;
• teikia buhalterinės apskaitos informaciją ir rengia ataskaitas pagal pareikalavimą – apskaitos dokumentus ir registrus Ministro Pirmininko kancleriui, auditoriams, mokesčių administratoriams, valstybės institucijoms;
• atsižvelgiant į apskaitai keliamus reikalavimus teikia Ministro Pirmininko kancleriui pasiūlymus ir patarimus dėl buhalterinės apskaitos politikos parinkimo;
• vykdo išankstinę ir paskesniąją finansų kontrolę;
• užtikrina finansinių – ūkinių operacijų teisėtumo, valstybės lėšų naudojimo įstatymų numatyta tvarka ir tinkamo dokumentų įforminimo kontrolę, apskaito visas Tarnybos pinigines lėšas, materialines vertybes;
• apskaito išlaidų sąmatų vykdymo operacijas;
• dalyvauja Vyriausybės kanceliarijos strateginio planavimo darbo grupės veikloje;
• rengia raštų ir pavedimų projektus;
• vykdo kitus Ministro Pirmininko , Ministro Pirmininko kanclerio bei kanclerio pavaduotojų pavedimus.